연금보험료 등 소득·세액공제확인서 발급방법｜홈택스·정부24·금융회사 제출

최종 업데이트: 2026년 7월 24일

연금저축이나 IRP에 돈을 넣었지만
연말정산 또는 종합소득세 신고에서 세액공제를 받지 않은 금액이 있다면,
나중에 인출할 때 해당 원금이 과세되지 않도록 확인하는 절차가 필요합니다.

이때 사용하는 서류가
연금보험료 등 소득·세액공제확인서입니다.

이 확인서는 발급만 받아 보관하는 서류가 아닙니다.
홈택스나 정부24에서 발급한 다음
연금저축 또는 IRP를 관리하는 증권사·은행·보험사에 제출해야
세액공제를 받지 않은 원금을 과세제외금액으로 확인받을 수 있습니다.

이번 글에서는
연금보험료 등 소득·세액공제확인서 발급방법과
제출 대상, 발급 시기, 홈택스·정부24 이용방법,
금융회사 제출 후 확인해야 할 내용을 순서대로 알아보겠습니다.

연금보험료 등 소득·세액공제확인서란?

연금보험료 등 소득·세액공제확인서는
과거 연도별 연금보험료와 연금계좌 납입액 중
소득공제 또는 세액공제를 받은 금액을 확인하는 국세청 증명서입니다.

연금저축이나 IRP에 납입한 금액 중
세액공제를 받지 않은 원금이 있다면,
금융회사는 이 확인서를 근거로 미공제금액을 과세제외금액으로 구분합니다.

누가 확인서를 발급해야 할까?

모든 연금저축·IRP 가입자가 확인서를 발급해야 하는 것은 아닙니다.
다음과 같은 사람이 주로 발급합니다.

• 연금저축 또는 IRP에 납입했지만 세액공제를 신청하지 않은 사람
• 연금계좌 납입액 중 일부 금액만 세액공제받은 사람
• 소득이 없던 해에 연금저축이나 IRP에 돈을 넣은 사람
• 연말정산에서 연금계좌 납입액을 누락한 사람
• 여러 금융회사에 연금저축과 IRP를 보유한 사람
• 연금수령·중도인출·해지를 앞두고 과세제외금액을 확인하려는 사람

확인서는 매년 제출해야 할까?

매년 금융회사에 제출할 필요는 없습니다.

세액공제를 받지 않은 과거 납입금이 있고
그 금액을 과세제외금액으로 확인받으려는 경우에 발급해 제출합니다.

한 번 과세제외금액으로 확인된 원금은
같은 금액에 대해 매년 다시 등록하지 않습니다.

다만 그 이후 새로운 세액공제 미적용 납입금이 발생했다면
새로 발생한 금액에 대해서는 추가 확인이 필요합니다.

언제 발급하는 것이 좋을까?

확인서는 연금수령·중도인출·해지를 신청하기 전에 제출해야 합니다.

인출 신청부터 한 뒤 세금이 잘못 계산됐다는 사실을 발견하기보다,
먼저 확인서를 제출해 과세제외 등록을 마치고
예상 원천징수세액을 확인하는 것이 안전합니다.

현재 연도에 납입한 금액은 아직 세액공제를 받을지 확정되지 않았을 수 있으므로,
과거 연도 미공제금액을 확인할 때는
해당 연도의 연말정산 또는 종합소득세 신고내용이 반영됐는지 확인해야 합니다.

발급 전에 준비할 내용

어느 연도의 납입금이 미공제됐는지 미리 확인하면
금융회사에 내용을 설명하고 등록하는 과정이 수월해집니다.

홈택스에서 확인서 발급하는 방법

가장 확실한 온라인 발급경로는 국세청 홈택스입니다.

홈택스 메뉴를 직접 따라가려면
증명·등록·신청 → 즉시발급 증명에서
확인서 이름을 찾을 수 있습니다.

※ 홈택스 개편에 따라 메뉴 위치가 달라질 수 있으므로,
메뉴가 보이지 않을 때는 상단 검색창에 확인서의 정식 명칭을 입력하는 방법이 가장 빠릅니다.

정부24에서 확인서 신청하는 방법

정부24에도 연금보험료 등 소득·세액공제확인서 민원안내 및 신청 페이지가 제공됩니다.

정부24 신청화면이 열리지 않거나 홈택스 이용 안내가 표시되면
홈택스의 즉시발급 증명 메뉴를 이용하면 됩니다.

세무서에서 방문 발급하는 방법

온라인 발급이 어렵다면 가까운 세무서 민원봉사실을 방문해 신청할 수 있습니다.

본인이 직접 방문할 때는 신분증을 준비하고,
민원창구에서
연금보험료 등 소득·세액공제확인서를 발급받으러 왔다고 말하면 됩니다.

대리인이 방문하면 위임장과 대리인 신분증 등 추가서류가 필요할 수 있으므로
방문 전에 세무서 또는 국세상담센터 126번에 필요한 서류를 확인하는 것이 좋습니다.

확인서를 금융회사에 제출하는 방법

국세청에서 확인서를 발급받았다고 해서
연금계좌의 과세제외 등록이 자동으로 끝나는 것은 아닙니다.

발급받은 확인서를
연금저축 또는 IRP를 관리하는 증권사·은행·보험사에 직접 제출해야 합니다.

금융회사마다 제출방법이 다른 이유

과세제외금액을 확인하는 세법 원칙은 같지만,
서류를 접수하는 방법은 금융회사마다 다릅니다.

어떤 금융회사는 모바일 앱에서 서류를 업로드할 수 있고,
어떤 금융회사는 팩스나 이메일, 영업점 방문만 지원할 수 있습니다.

앱 메뉴를 찾느라 시간을 쓰기보다
고객센터에 먼저 연락해
연금계좌 과세제외금액 등록 담당부서와 제출방법을 확인하는 것이 빠릅니다.

여러 금융회사에 연금계좌가 있다면?

연금저축과 IRP가 여러 금융회사에 나뉘어 있다면
어느 계좌의 납입금이 세액공제를 받았고,
어느 계좌에 미공제금액이 남아 있는지 확인해야 합니다.

금융회사는 세금우대저축자료 집중기관 등을 통해
다른 연금계좌의 납입내역을 확인해
과세제외금액을 계산할 수 있습니다.

다만 실제 계좌별 반영금액과 제출절차는
각 금융회사에 확인하는 것이 안전합니다.

제출 후 반드시 확인할 사항

확인서를 제출한 뒤에는 서류가 접수됐다는 답변만 듣고 끝내지 말고,
다음 내용을 직접 확인해야 합니다.

• 확인서가 정상적으로 접수됐는지
• 과세제외금액이 얼마로 확인됐는지
• 해당 금액이 어느 연금계좌에 반영됐는지
• IRP에 이연퇴직소득이 함께 들어 있는지
• 현재 일부 인출 또는 해지 시 예상세액이 얼마인지
• 실제 인출 신청이 가능한 시점이 언제인지

자주 하는 실수

1. 확인서를 발급만 하고 금융회사에 제출하지 않는 경우

확인서 발급과 과세제외 등록은 다른 절차입니다.
발급한 문서를 금융회사에 제출해야 합니다.

2. 인출 신청부터 하는 경우

과세제외금액이 반영되지 않은 상태에서 인출을 신청하면
예상보다 많은 세금이 원천징수될 수 있습니다.

3. 환급액이 적었다는 이유로 전액 미공제라고 생각하는 경우

연말정산 환급액과 실제 연금계좌 세액공제 반영금액은 같은 개념이 아닙니다.
원천징수영수증과 국세청 확인서를 기준으로 판단해야 합니다.

4. 여러 연금계좌를 따로 보지 않는 경우

연금저축과 IRP를 여러 금융회사에서 운용했다면
전체 납입액과 전체 세액공제액을 함께 확인해야 합니다.

자주 묻는 질문

Q1. 확인서를 매년 제출해야 하나요?

매년 제출할 필요는 없습니다.
한 번 과세제외금액으로 확인된 원금은 같은 금액을 다시 등록하지 않습니다.

이후 새로운 세액공제 미적용금액이 생기면
새로 발생한 금액에 대해 추가 확인을 진행합니다.

Q2. 확인서는 언제 제출해야 하나요?

연금수령·중도인출·해지를 신청하기 전에 제출해야 합니다.
인출 신청 전에 과세제외 등록과 예상세액 확인을 마치는 것이 중요합니다.

Q3. 홈택스에서 발급하면 금융회사에 자동으로 전달되나요?

자동으로 전달되지 않습니다.
발급받은 확인서를 연금저축이나 IRP를 관리하는 금융회사에 직접 제출해야 합니다.

Q4. 세액공제 한도 초과금액도 확인서가 필요한가요?

금융회사가 명확한 한도 초과 납입금을 이미 과세제외금액으로 구분하고 있을 수 있습니다.

다만 여러 금융회사에 계좌가 있거나 실제 등록금액이 불분명하다면
인출 전에 금융회사에 과세제외금액을 확인하는 것이 안전합니다.

Q5. 연금저축과 IRP가 다른 금융회사에 있으면 어디에 제출하나요?

각 금융회사에 현재 계좌별 과세제외금액과 제출 필요 여부를 문의해야 합니다.
실제 서류 제출처는 과세제외금액을 반영할 연금계좌 금융회사입니다.

Q6. 확인서에 예상한 내역이 나오지 않으면 어떻게 하나요?

해당 연도의 연말정산 또는 종합소득세 신고자료가 반영됐는지 확인해야 합니다.
국세상담센터 126번과 금융회사 고객센터에 각각 문의한 뒤 인출을 진행해야 합니다.

Q7. 과세제외 등록 후 바로 인출할 수 있나요?

금융회사의 서류 처리와 계좌 반영이 완료된 뒤 인출해야 합니다.
IRP는 과세제외금액이 있더라도 법정 중도인출 요건을 충족해야 합니다.

최종 확인목록

정리

연금보험료 등 소득·세액공제확인서 발급방법의 핵심은
확인서를 발급하는 것에서 끝나지 않고
연금계좌 금융회사에 제출해 과세제외 등록까지 완료하는 것입니다.

• 세액공제를 받지 않은 과거 연금계좌 납입금 확인에 사용
• 확인서는 매년 제출하지 않음
• 인출 신청 전에 발급과 등록을 완료해야 함
• 홈택스와 정부24 또는 세무서에서 발급 가능
• 발급 후 증권사·은행·보험사에 직접 제출
• 제출 후 과세제외 등록금액과 예상세액 확인
• 여러 연금계좌가 있다면 금융회사별 반영금액 확인

확인서 발급만 하고 곧바로 인출하지 말고,
금융회사에서 과세제외금액이 정상적으로 반영됐다는 확인을 받은 뒤
연금수령이나 인출을 신청해야 합니다.

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