연금저축·IRP 세액공제 안 받은 돈도 16.5% 세금 낼까? 과세제외 총정리

최종 업데이트: 2026년 7월 24일

연금저축이나 IRP를 해지하려는데 예상세금으로 16.5%가 표시되면
세액공제를 받지 않은 돈까지 세금을 내야 하는지 걱정될 수 있습니다.

결론부터 말하면
세액공제를 받지 않은 개인 납입원금은 과세제외금액입니다.
해당 금액이 금융회사에서 과세제외금액으로 확인돼 있다면
연금으로 받거나 연금 외 방식으로 인출해도 그 원금에는 세금이 부과되지 않습니다.

다만 세액공제를 받지 않은 원금을 투자해 발생한 운용수익은 과세 대상입니다.
또한 IRP에 회사에서 받은 퇴직금이 들어 있다면
그 돈은 개인 납입금이 아니라 이연퇴직소득으로 분류돼 별도의 퇴직소득세가 적용됩니다.

이번 글에서는 연금저축 IRP 과세제외 기준과
세액공제를 받지 않은 원금 300만원을 나중에 연금으로 받을 때의 세금,
연금저축과 IRP의 차이, 연금계좌의 인출 순서를 사례로 알아보겠습니다.

연금저축과 IRP의 세금은 같은가?

연금저축과 IRP는 서로 다른 계좌지만,
본인이 직접 납입한 개인부담금의 기본적인 세금 구조는 같습니다.

세액공제를 받지 않은 개인 납입원금은 두 계좌 모두 과세제외되고,
세액공제를 받은 개인 납입원금과 운용수익은
수령방법에 따라 연금소득세 또는 기타소득세가 적용됩니다.

세액공제를 받지 않은 원금은 왜 과세되지 않을까?

세액공제를 받은 연금계좌 납입금은
납입한 해에 소득세를 줄이는 혜택을 받은 돈입니다.
따라서 나중에 연금이나 일시금으로 받을 때 세금을 납부합니다.

반대로 세액공제를 받지 않은 원금은
이미 세금을 낸 소득으로 연금계좌에 넣은 본인 자금입니다.
납입할 때 세금 혜택을 받지 않았으므로
해당 원금을 되찾을 때 다시 세금을 부과하지 않습니다.

세액공제를 받지 않은 300만원을 연금으로 받으면?

세액공제를 받지 않은 개인 납입원금이 300만원이고
금융회사에서 과세제외금액으로 확인돼 있다면,
나중에 연금으로 받아도 해당 원금에는 연금소득세가 부과되지 않습니다.

연금계좌에서 돈을 일부 인출할 때
과세제외금액이 가장 먼저 인출된 것으로 처리되기 때문입니다.

다른 자금이 섞여 있지 않은 계좌에서
매년 100만원씩 받는다고 가정하면 다음과 같습니다.

※ 위 사례는 다른 과세재원이 섞여 있지 않고 계좌에 손실도 발생하지 않았다고 가정한 단순 예시입니다.

세액공제를 받지 않은 원금을 중도인출하면?

과세제외금액으로 확인된 원금은
연금수령 요건을 충족하기 전에 인출해도 해당 원금에 16.5%가 부과되지 않습니다.

그러나 인출액이 과세제외 원금을 초과해
세액공제를 받은 원금이나 운용수익까지 포함하면,
과세 대상 금액에는 일반적으로 지방소득세를 포함해
16.5%의 기타소득세가 적용됩니다.

※ 위 세율은 지방소득세를 포함한 일반적인 기준입니다.
연금수령 요건, 연령, 연간 수령액과 부득이한 인출 사유에 따라 실제 세금은 달라질 수 있습니다.

연금계좌에서는 어떤 돈부터 인출될까?

연금저축이나 IRP에 성격이 다른 돈이 함께 들어 있더라도
가입자가 원하는 재원을 직접 지정해 인출하는 방식은 아닙니다.

일부 금액을 인출하면 세법에서 정한 다음 순서에 따라
돈이 빠져나간 것으로 처리합니다.

따라서 세액공제를 받지 않은 원금 300만원이
과세제외금액으로 정상 등록돼 있다면,
일부 인출 시 해당 300만원이 먼저 빠져나간 것으로 처리됩니다.

과세제외 대상이 되는 대표적인 납입금

1. 인출하는 해에 새로 납입한 개인부담금

인출일이 속한 해에 연금계좌에 납입한 개인부담금은
아직 연말정산이나 종합소득세 신고를 통해
세액공제를 받은 금액으로 확정되지 않았으므로
우선 과세제외금액으로 처리됩니다.

2. 세액공제 한도를 초과해 납입한 금액

연금저축 단독 세액공제 대상 한도는 연 600만원이며,
IRP 등을 포함한 연금계좌 합산 세액공제 대상 한도는 연 900만원입니다.

세액공제 대상 한도를 초과해 납입한 개인부담금은
세액공제를 받지 않은 원금이므로 과세제외금액에 해당합니다.

3. 세액공제 한도 안에서 실제로 공제받지 않은 금액

세액공제 한도 안에서 납입했더라도
연말정산이나 종합소득세 신고에서 일부 금액만 공제받았다면
나머지 미공제 원금도 과세제외금액입니다.

다만 금융회사가 실제 미공제 사실을 확인할 수 있도록
국세청의 연금보험료 등 소득·세액공제확인서를 제출해야 합니다.

사례 1｜연금저축에 1,200만원을 넣었다면

한 해 동안 연금저축에 1,200만원을 납입하고
세액공제 대상 한도인 600만원을 공제받았다고 가정해 보겠습니다.

이후 계좌 평가액이 1,300만원이 됐다면
원금 1,200만원 외에 운용수익 100만원이 발생한 것입니다.

과세제외 대상은 세액공제를 받지 않은 원금 600만원이며,
운용수익 100만원은 수령방법에 따라 과세됩니다.

사례 2｜600만원을 넣고 300만원만 공제받았다면

연금저축에 600만원을 납입했지만
연말정산이나 종합소득세 신고에서 300만원만 세액공제받았다면,
나머지 300만원은 세액공제를 받지 않은 원금입니다.

두 금액 모두 연금저축 세액공제 한도 안에 들어가므로,
미공제 원금 300만원을 과세제외금액으로 인정받으려면
국세청 확인서를 금융회사에 제출해야 합니다.

과세제외금액은 어떻게 등록할까?

세액공제 한도 안에서 납입했지만 실제로 공제받지 않은 과거 납입금은
금융회사가 자동으로 정확히 구분하지 못할 수 있습니다.

이 경우 국세청의
연금보험료 등 소득·세액공제확인서를 발급해
연금저축이나 IRP를 관리하는 금융회사에 제출해야 합니다.

확인서는 매년 제출하는 것이 아닙니다.
세액공제를 받지 않은 과거 납입금을 과세제외금액으로 확인받아야 할 때 제출하며,
연금수령·중도인출·해지를 앞두고 있다면 인출 신청 전에 처리를 마치는 것이 중요합니다.

과세제외 원금도 마음대로 인출할 수 있을까?

세금이 부과되는지와 실제로 계좌에서 돈을 꺼낼 수 있는지는 별개의 문제입니다.

연금저축은 IRP보다 부분인출이 상대적으로 자유롭지만,
보유한 ETF나 펀드를 먼저 매도해야 할 수 있습니다.

IRP는 과세제외 원금이 있더라도
법에서 정한 중도인출 사유를 충족해야 합니다.
과세제외금액이 있다는 이유만으로 언제든 자유롭게 인출할 수는 없습니다.

IRP에 회사 퇴직금이 들어 있다면 세금이 다르다

연금저축과 IRP의 개인 납입금은 같은 기본 세금 구조를 적용하지만,
IRP에 회사에서 받은 퇴직급여가 들어 있다면 해당 금액은 별도로 계산합니다.

퇴직급여를 IRP로 이전하면 퇴직소득세 납부가 미뤄지고,
해당 금액은 이연퇴직소득으로 관리됩니다.

이연퇴직소득을 일시금으로 찾으면 원래 계산된 퇴직소득세가 적용됩니다.
연금으로 나누어 받으면 실제 연금수령연차에 따라
원래 퇴직소득세의 70%, 60% 또는 50%를 납부합니다.

자주 묻는 질문

Q1. 세액공제를 안 받은 원금에도 16.5%가 부과되나요?

아닙니다. 세액공제를 받지 않은 개인 납입원금은 과세제외금액입니다.
정상적으로 확인된 과세제외금액은 연금수령과 연금 외 수령 모두 세금이 없습니다.

Q2. 세액공제를 안 받은 300만원을 연금으로 받으면 세금이 있나요?

과세제외금액으로 확인된 원금 300만원에는 세금이 없습니다.
다만 해당 원금에서 발생한 운용수익은 연금소득세 과세 대상입니다.

Q3. 연금저축과 IRP의 개인 납입금 세금은 같은가요?

같습니다. 세액공제 미적용 원금과 세액공제 적용 원금,
운용수익에 대한 기본적인 세금 구조는 동일합니다.

다만 IRP에 회사 퇴직금이 들어 있다면
그 금액에는 별도의 퇴직소득세가 적용됩니다.

Q4. 과세제외 원금만 선택해서 인출할 수 있나요?

가입자가 특정 재원을 직접 선택하는 방식은 아닙니다.
세법상 인출 순서에서 과세제외금액이 가장 먼저 인출된 것으로 처리됩니다.

Q5. IRP의 과세제외 원금도 언제든 찾을 수 있나요?

아닙니다. 세금이 부과되지 않는 것과 실제 중도인출이 가능한 것은 별개의 문제입니다.
IRP는 법에서 정한 중도인출 사유를 충족해야 합니다.

Q6. IRP의 퇴직금도 세액공제를 안 받은 원금인가요?

아닙니다. 회사에서 받은 퇴직금은 개인이 추가 납입한 미공제 원금이 아니라
이연퇴직소득입니다.

일시금으로 받으면 퇴직소득세가 적용되고,
연금으로 받으면 실제 연금수령연차에 따라 감면된 퇴직소득세가 적용됩니다.

인출 전 최종 확인사항

정리

연금저축 IRP 과세제외의 핵심은
세액공제를 받지 않은 개인 납입원금과
세액공제를 받은 원금, 운용수익, 회사 퇴직금을 구분하는 것입니다.

• 연금저축과 IRP의 개인 납입금은 같은 기본 세금 구조 적용
• 세액공제를 받지 않은 개인 납입원금은 과세제외
• 미공제 원금 300만원을 연금으로 받아도 해당 원금에는 세금 없음
• 미공제 원금에서 발생한 운용수익은 수령방법에 따라 과세
• 인출 시 과세제외금액이 가장 먼저 인출된 것으로 처리
• 한도 안에서 공제받지 않은 과거 납입금은 국세청 확인서 제출 필요
• IRP의 회사 퇴직금은 이연퇴직소득으로 별도 퇴직소득세 적용

세액공제를 받지 않았다는 기억만으로 바로 인출을 신청하지 말고,
국세청 자료와 금융회사가 관리하는 과세재원별 잔액을 먼저 확인해야 합니다.

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